ජල ජීවානුහාරණයේ දී සිදු කරන්නේ ජලයේ ඇති රෝග ඇති කරන ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් විනාශ කිරීමයි. ජලයේ සිටින රෝග ඇති කරන ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් අතර ඊකෝලයයි. සැල්මොනෙල්ලා, ශිගෙල්ලා, Leptospirosis, සහ කොළරා ඇති කරන බැක්ටීරියා ප්‍රධාන වෙයි. ප්‍රධාන වශයෙන් බීමට ගන්නා ජලයේ මෙම රෝග ඇති කරන බැක්ටීරියා ඉවත් කිරීම කළ යුතු ම වෙයි. මේ සඳහා කාර්මිකව ප්‍රධාන ක්‍රම තුනක් භාවිත කරයි.

1. ක්ලොරිනීකරණය (chlorination)
2. ඕසොනිකරණය (ozonation)
3. UV කිරණවලට නිරාවරණය කිරීම