ප්රාථමික ජල පිරියම්කරණයෙන් ඝන අපද්රව්ය ඉවත් කළ පසු ලැබෙන අපජලය ද්විතීයික ජල පිරියම්කරණයට ලක් කෙරෙයි. මෙයින් අරමුණු කරන්නේ ජලයේ පවතින ද්රාවිත ඔක්සිජන් ඉල්ලුමට හේතු වන ද්රව්ය ඉවත් කිරීමයි. ජෛව රසායන ඔක්සිජන් ල්ලුමට හේතුවන ද්රව්ය වන්නේ ක්ෂුද්ර ජීවීන් මගින් වියෝජනය කළ හැකි අපද්රව්ය කොටස් වෙයි.
මේවා නම් පිෂ්ටය, සීනි වර්ග, මල ද්රව්ය, ශාක සත්ත්ව කොටස් සහ පොස්ෆේට්, නයිට්රේට් වැනි පෝෂක ද්රව්ය වෙයි. මෙම ද්රව්ය ජලයට එක් වූ පසු ජලයේ සිටින බැක්ටීරියා මෙම ද්රව්ය ශීඝ්රයෙන් වියෝජනයට ලක්කිරීමට උත්සාහ ගනියි. මෙම වියෝජනය සඳහා ඔක්සිජන් අත්යවශ්ය වෙයි. නමුත් මෙම ක්ෂුද්ර ජීවීන් ලබාගන්නේ වාතයේ ඇති ඔක්සිජන් නොව ජලයේ දිය වී ඇති ඔක්සිජන් වෙයි.
මේවා නම් පිෂ්ටය, සීනි වර්ග, මල ද්රව්ය, ශාක සත්ත්ව කොටස් සහ පොස්ෆේට්, නයිට්රේට් වැනි පෝෂක ද්රව්ය වෙයි. මෙම ද්රව්ය ජලයට එක් වූ පසු ජලයේ සිටින බැක්ටීරියා මෙම ද්රව්ය ශීඝ්රයෙන් වියෝජනයට ලක්කිරීමට උත්සාහ ගනියි. මෙම වියෝජනය සඳහා ඔක්සිජන් අත්යවශ්ය වෙයි. නමුත් මෙම ක්ෂුද්ර ජීවීන් ලබාගන්නේ වාතයේ ඇති ඔක්සිජන් නොව ජලයේ දිය වී ඇති ඔක්සිජන් වෙයි.
