මෝටර් රථ ඉන්ධන සඳහා ඩීසල් හෝ පෙට්‍රල් භාවිත කරයි. ඒ අනුව, ඩීසල් එන්ජිම් හා පෙට්‍රල් එන්ජිම් ලෙස එන්ජිම් බෙදා දැක්විය හැකි ය. අතීතයේ සිට ම එන්ජිම් නිපදවීමේ තාක්ෂණය ඩීසල් හෝ පෙට්‍රල් භාවිතය අරමුණු කොටගෙන සංවර්ධනය වූ බැවින් දැනට පවතින බොහෝ එන්ජිම් ඩීසල් හෝ පෙට්‍රල් භාවිතයට වඩාත් සුදුසු පරිදි නිපදවා ඇත.
ඛනිජ තෙල් මිල ඉහළ යෑම හේතුවෙන්, විකල්ප ඉන්ධන කෙරේ එන්ජිම් නිෂ්පාදකයන්ගේ අවධානය යොමු වී තිබේ. මෙහි ප්‍රතිපලයක් ලෙස ජීව ඩීසල් (Bio diesel), එතනෝල් (Ethanol), මෙතනෝල් (Methanol) වැනි ද්‍රව ඉන්ධන හා ප්‍රොපේන් (Propane), මීතේන් (Methane) වැනි වායු ඉන්ධන වර්ග භාවිතය ක්‍රමයෙන් ප්‍රචලිත වෙමින් පවතී. මෙහි ආරම්භක පියවරක් ලෙස ඇතැම් රටවල පෙට්‍රල් හෝ ඩීසල් සමඟ වෙනත් විකල්ප ඉන්ධන එකක් හෝ කිහිපයක් මිශ්‍ර කර භාවිතයට ගැනීම අනිවාර්ය කර ඇත.